Ditemukan banyak perbedaan dengan pola pendudukan Jepang dengan penjajahan Belanda. Pada zaman Hindia Belanda, pemerintah Kolonial menekan kaum nasionalis Indonesia sedangkan zaman pendudukan Jepang golongan nasionalis diajak bekerja sama oleh penguasa. Pada zaman Jepang sebagian besar menempuh jalan kerjasama dengan pihak Jepang.  Banyak kebijakan-kebijakan baru yang diterapkan pemerintahan Jepang pada saat itu, dalam bidang ekonomi sering disebut self help (Saleh Dkk, 2010). Hasil perekonomian di Indonesia dijadikan modal untuk mencukupi kebutuhan pemerintahan Jepang yang sedang berkuasa di Indonesia. Jepang melakukan pengawasan terhadap sarana-prasarana seperti jembatan, alat transportasi, telekomunikasi, dan bangunan-bangunan diperbaiki dan beberapa peraturan yang mendukung program pengawasan kegiatan ekonomi dikeluarkan termasuk mengenai pengendalian kenaikan harga lalu bagi mereka yang melanggar akan dijatuhi hukuman.

Selain itu ada kebijakan di bidang politik, hubungan dengan luar negeri, sosial- budaya, Pendidikan. Tetapi yang paling menyedihkan adalah pengerahan romusa, penderitaan rakyat kembali ditambah dengan adanya pengerahan tenaga Romusa. Untuk menopang perang Asia Timur Raya, Jepang mengerahkan semua tenaga kerja dari Indonesia, tenaga kerja inilah yang kerap kali dikenal dengan Romusha. Mereka dipekerjakan di lingkungan terbuka, misalnya di lingkungan pembangunan kubu-kubu pertahanan, jalan raya, dan lapangan udara. Rakyat Indonesia yang menjadi Romusa diperlakukan dengan tidak baik dan kejam. Mereka dipaksa bekerja sejak pagi hari sampai petang tanpa makan dan pelayanan yang cukup padahal mereka melakukan pekerjaan yang berat, Kesehatan mereka tidak terurus bahkan ada yang jatuh sakit hingga mati kelaparan. Pendudukan Jepang yang mulanya membawa harapan baru dan disambut dengan senang hati berubah menjadi kebencian. Pemerintahan Jepang dianggap seringkali bertindak sewenang-wenang sehingga timbullah perlawanan- perlawanan dari rakyat Indonesia. Perlawanan oleh Aceh, perlawanan di Singaparna, perlawanan di Indramayu,  perlawanan di Kalimantan, Perlawanan rakyat Irian dll. Dan akhir dari pemerintahan Jepang di Indonesia telah di mulai hingga akhirnya Jepang kalah perang dengan sekutu dan selanjutnya proses panjang menuju peristiwa proklamasi kemerdekaan Indonesia pada 1945.